El treball de la junta directiva de l’AMPA es porta a terme sobre la base de comissions i grups de treball, de manera que es generen processos d’autonomia i autoorganització. Es tracta de repartir la participació en el treball, establint diferents nivells de responsabilitat dins de cada comissió.

Com a conseqüència d’aquest treball de reorganització actualment l’AMPA desenvolupa la seua activitat en dos nivells: la Junta i les Comissions.

La Junta, després de l’Assemblea de socis que se celebra al començament del curs escolar, és l’òrgan fonamental de coordinació i decisió.